Douze heures après les événements de la saison 3, John a réussit à trouver un refuge pour la Cité et les habitants qui sont encore dedans grâce à des expéditions menées en Jumper. Cette planète ressemble à la Terre, elle dispose d’un énorme océan où la Cité a atterrit. Le colonel Sheppard a lancé une mission d’exploration avec Teyla et plusieurs autres marines.
Rodney quant à lui s’affaire à restaurer les systèmes de la salle de contrôle.
A l’infirmerie, Ronon ainsi que la plupart du personnel présent lorsque la Tour a été touchée par le rayon Asuran, sont pris en charge par l’équipe médicale dirigée par le docteur Keller. Alors que l’équipe de John explore les environs immédiats de la Cité, Elisabeth qui a été une des plus gravement touchée manque de décéder sur la table d'opération mais Jennifer, avec l'aide de Rodney trouve une solution pour lui sauver la vie en réactivant ses nanites.
Durant l’exploration, John et son équipe tombent sur un temple en ruine. En l’explorant, ils activent, sans le savoir, une balise de détresse. Ne trouvant rien d’intéressant, ils reviennent sur la Cité. John apprend alors qu'Elisabeth est rétablie mais grace aux nanites et il lui donne l'ordre de les désactiver ce que Rodney ne fait pas.
Les blessures de Ronon sont pansées, comme la plupart du personnel blessé par le rayon. L’heure est au repos bien mérité. Mais John, tout comme Rodney, refuse de se reposer et les deux hommes aidés d'une équipe de scientifiques, s’emploient avec les moyens du bord à tout réparer.
Pendant ce temps là, la balise activée par l'équipe de John envoie un signal dans l'espace, signal capté par les Asurans. Aussitôt une flotte de vaisseaux prennent direction vers la Cité qui se remet à peine de ses blessures. Elisabeth, enfermée dans une cellule à sa propre demande, sent leur arrivée et informe immédiatement John. Ils n'ont que quelques heures pour réparer les armes de la Cité, la chaise est inutilisable, ils ne peuvent compter que sur le bouclier mais pour une durée limitée.
Quelques heures plus tard, ils entrent en orbite de la planéte et quelques secondes aprés, Elisabeth est téléportée vers le vaisseau mére où se trouve Oberoth. En effet, aprés un scanner de la planéte ils ont détecté un réseau de nanites et l'ont téléporté à bord de leur vaisseau. Elisabeth analyse rapidement la situation et utilise ses nouvelles "capacités" pour se connecter au réseau intérieur des nanites, usant de sa force pour leur ordonner de repartir. Mais elle a un adversaire de taille en la personne d'Oberoth et aprés une lutte de plusieurs minutes, elle finit par céder. Elle est conduite en cellule alors qu'Oberoth lance une attaque sur la Cité. Les boucliers tiennent le coup mais l'énergie vint à manquer quelques minutes aprés le début de l'attaque. Elisabeth rassemble toute ses forces et réussit à se dégager de l'étreinte des geoliers qui l'emmenaient à sa cellule. Elle trouve un terminal et se connecte à lui. Grace à ses nanites, elle arrive a prendre contrôle du systéme et lance l'auto destruction du vaisseau. Ce dernier étant relié aux autres, l'ordre d'auto destruction se propage à la flotte de vaisseaux Asurans qui explosent les uns aprés les autres. Elisabeth a à peine le temps d'activer la téléportation que le vaisseau sur lequel elle se trouvait explose et elle se retrouve dans la salle de la Porte, en vie. Sur son écran, Rodney constate la destruction de la flotte Asuran et histoire de s'arranger de sa destruction, John envoie plusieurs Jumpers finir le travail.
Elisabeth est reconduite à ses quartiers, ses efforts l'ont fatiguée et elle a besoin de repos. En raison de sécurité, un garde reste devant sa porte mais personne ne pense qu'elle va se retourner contre le reste de l'expédition. Plusieurs jours plus tard, l'Apollo suivi du Deadelus arrivent en orbite, emmenant avec eux vivres et équipements médicaux.
La vie reprend doucemet son cours, on panse les plaies, on enterre les morts. Une page est tournée sur cette terrible épreuve et tout le monde se remet au travail. Elisabeth est rapatriée sur Terre, le temps que l'IOA prouve qu'elle est digne de confiance ou pas. Grace aux témoignages de différentes personnes, l'IOA ne voit pas d'autres alternative que de la blanchir de tout soupçons mais la diplomate ne peut retrouver sa place d'antan. Elle reste néanmoins à bord de la Cité en tant que diplomate. Elle est remplacée par le lieutenant-colonel Samantha Carter.
Le RPG débute ici, à vous de faire vivre la Cité dans ce nouveau monde, avec de nouvelles missions, de nouveaux peuples et de nouveaux dangers…